Liczne, głębokie żwirownie pochłonęły w Puszczy kolejne stanowiska dąbrów. Według Falińskiego od połowy XVII wieku do końca XX wieku powierzchnia Puszczy Białowieskiej zmniejszyła się z 1664 km² do 911 km² (nie licząc Puszczy Ladzkiej i Świsłockiej), co oznacza spadek o 45%.
Zarządzanie Puszczą bierze swój początek w XV wieku, powołano wtedy namiestników, którzy byli agentami gospodarczo-finansowymi wielkiego księcia litewskiego.
Wraz z wejściem Puszczy w 1589 roku w skład królewskich dóbr stołowych zaczęło się kontrolowane użytkowanie Puszczy poprzez „wchody”, czyli prawo użytkowania lasu. Systematyczna eksploatacja rozpoczęła się w XVII wieku. Nad Narewką i Niemierzanką powstały zakłady wytapiające żelazo z rudy darniowej. Rozwija się produkcja smoły i potażu, wykorzystywanego dla produkcji szkła i mydła. Gruntowną reformę w zarządzaniu Puszczą wprowadził w XVIII wieku podskarbi litewski Antoni Tyzenhauz. Uruchomił on nowe ośrodki dostarczające przetworzone produkty leśne: węgiel drzewny, smoła drzewna, dziegieć, popiół, potaż. Wówczas wewnątrz Puszczy powstały osady przemysłowe Budy, Pogorzelce i Teremiski, a do pracy w przemyśle leśnym sprowadzono specjalnie ludność z Mazowsza. Osady puszczańskie zakładane były na ziemiach królewskich w dobrach stołowych. Zajmują one łącznie około 1 km² powierzchni.