W roku akademickim 1926/27 został dziekanem Wydziału Lekarskiego UW. Niedługo po tym został przyjęty w poczet członków Towarzystwa Naukowego Warszawskiego, a w 1930 roku do Polskiej Akademii Umiejętności (jako członek korespondent, a od 1934 roku był członkiem rzeczywistym). W 1937 roku był polskim delegatem jako członek ekspert w Międzynarodowej Komisji ds. Narkotyków przy Lidze Narodów.
W 1936 roku został rektorem Akademii Stomatologicznej, a w 1939 roku wybrano go na rektora Uniwersytetu Warszawskiego. Jego kadencja miała się zacząć 1 października 1939 roku.
We wrześniu 1939 w pomieszczeniach Wydziału Lekarskiego UW działał szpital polowy. Po kapitulacji stolicy Modrakowski jesienią 1939 roku kilkakrotnie w prywatnych mieszkaniach organizował zebrania władz uczelni. Wspólnie z innymi rektorami warszawskich uczelni zwrócił się do władz okupacyjnych o zezwolenie na przeprowadzenie egzaminów końcowych dla tych studentów, którym do skończenia studiów brakowało tylko tego ostatniego egzaminu. Niemcy zgodzili się, choć tylko na niektórych wydziałach i z wykluczeniem Żydów.