FC Basel Salah od dłuższego czasu był obserwowany przez szwajcarską drużynę – FC Basel. 10 kwietnia 2012 ogłoszono, że zawodnik podpisał umowę z Bazyleą, obowiązującą przez cztery lata począwszy od dnia 15 czerwca 2012. Zadebiutował w meczu fazy wstępnej Ligi Mistrzów UEFA przeciwko norweskiemu klubowi FK Molde. Pierwszy mecz ligowy rozegrał 12 sierpnia przeciwko Thunowi, rozgrywając pełny wymiar czasowy. Strzelił swoją pierwszą bramkę ligową tydzień później, w wygranym 2:0 meczu z Lausanne. Pierwszą bramkę w rozgrywkach europejskich zdobył w ćwierćfinale Ligi Europy, 11 kwietnia 2013, gdy Basel awansowało do półfinału, pokonując Tottenham Hotspur 4:1 w konkursie rzutów karnych. W półfinale Salah strzelił gola z Chelsea na Stamford Bridge, mimo że przegrali 2:5. Wraz z drużyną wywalczył tytuł mistrza kraju. 6 sierpnia 2013, piłkarz po raz pierwszy w rozgrywkach Ligi Mistrzów trafił do siatki przeciwko Maccabi Tel Awiw, w ramach trzeciej rundy kwalifikacyjnej. 26 listopada zdobył zwycięską bramkę w meczu grupowym z Chelsea, zapewniając zwycięstwo 1:0. Salah ponownie odniósł sukces krajowy, pomagając w wywalczeniu piątego z rzędu tytułu mistrzowskiego FC Basel, a dla samego pomocnika był to drugi z rzędu triumf w tych rozgrywkach.