Wybuch wojny zastał Stołowickiego we Francji. Jego żona, która z synem Michałem i Gertrudą próbowała przedostać się do męża, dotarła jedynie do Wilna. Tu, dowiedziawszy się o śmierci Stołowickiego, kobieta rozchorowała się i zmarła. Przed śmiercią powierzyła Gertrudzie opiekę nad synem, prosząc opiekunkę, by po wojnie zawiozła go do Palestyny.
Gertruda, katoliczka, wypełniła wolę dawnej chlebodawczyni i zajęła się chłopcem, który przez całą okupację uchodził za jej syna. Uzyskała dla niego fałszywe dokumenty oraz zaświadczenie ochrzczenia. W czasie okupacji niemieckiej zarabiała m.in. pisząc po niemiecku petycje w imieniu ludności, w zamian otrzymując żywność. Pomagała także innym Żydom z wileńskiego getta.
Po wojnie Babilińska z dwunastoletnim Michałem Stołowickim wyruszyła do Izraela wieloetapową podróżą. Dotarła tam statkiem Exodus w 1948 r. W Izraelu utrzymywała siebie i przybranego syna z pracy sprzątaczki. Mimo bycia głęboko wierzącą katoliczką, wychowała Michała Stołowickiego w judaizmie.
4 czerwca 1963 r. Gertruda Babilińska została uhonorowana tytułem Sprawiedliwej wśród Narodów Świata.
Gertruda Babilińska została pochowana w Tel Awiwie na cmentarzu Kiriat Szaul.