też Diecezja Sydney).
Został zapamiętany bardziej jako geolog, niż jako duchowny. W okolicach Sydney i Paramota gromadził próbki skał i skamieniałości, a wyniki ich badań publikował w Tasmanian Journal of Natural Science i czasopismach brytyjskich. Przewidywał odkrycia bogactw naturalnych Australii, m.in. w 1841 r. w łupkach kwarcowo-żelazistych z okolic Hartley w Australii Południowej (Blue Mountains) odkrył cząstki złota. Informacje o odkryciach kierował do gubernatora Nowej Południowej Walii, Georga Gippsa, jednak propozycje eksploatacji nie spotkały się ze zrozumieniem. Większą uwagę opinii publicznej udało się zwrócić na tę sprawę dopiero po śmierci Gippsa (1847). W następnych latach Edward Hargraves odkrył złoża złota w Ophir; Clarke został wówczas rządowym doradcą naukowym w sprawach eksploatacji (lata 1851–1853); niósł też posługi kościelne pracownikom kopalń i mieszkańcom okolicy oraz dokonywał wielu pieszych i konnych rekonesansów, m.in. w Alpach Australijskich, nad rzekami Hunter i Darling.