W 1986 roku do WSD przeniesiono Bibliotekę Prowincjalną, mieszczącą się dotąd w Warszawie.
W latach 1982–1984, według projektu Mirosława Robaka, przy klasztorze powstał oddzielny gmach dla seminarium. Nowy budynek, w kształcie dwupiętrowego czworoboku, miał według planów pomieścić 80 – 100 alumnów. Od roku akademickiego 2001/2002 wszyscy alumni są równocześnie studentami Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie.
Od 13 czerwca 1998 roku Seminarium decyzją o. prowincjała Józefa Łapińskiego za zgodą ojca Generała zostało podniesione do rangi autonomicznego klasztoru pw. św. Bonawentury. Tym samym każdorazowy Rektor jest gwardianem (przełożonym) dla wszystkich przebywających w seminarium de familia. thumb|240px|Kaplica seminaryjna W gmachu WSD istnieje Instytut Franciszkański oraz seminaryjny zespół muzyczny „Pokój i Dobro”, który tworzą bracia klerycy.
Rektorzy uczelni 1978–1983: o. Feliks Mechecki 1983–1986: o. Maciej Krzymowski 1986–1989: o. Manswet Wardyn 1989–1992: o. dr Jan Mucha 1992–1994: o. Edward Mastalerek 1994–1996: o. Piotr Sielużycki 1996–2000: o. Lucjan Ubysz 2000–2007: o. dr Jacek Ciupiński 2007–2012: o. dr Michał Baranowski 2012–2016: o. dr Piotr Matuszak 2016–2020: o. dr Mirosław Bartos 2020–2024: o. dr Piotr Żurkiewicz 2024– : o.