Twórczość Kwiatkowski wykorzystywał różne techniki kompozycyjne. W latach 1950–1960 próbował stworzyć własny system modalno-strukturalny. Od 1963 pisał utwory utrzymane w technice serialnej. Od 1968 – po zainteresowaniu się sonoryzmem – skierował się w stronę aleatoryzmu. Od 1984 ponownie interesował się systemem modalno-strukturalnym, wzbogacając go o nowe rozwiązania formalno-brzmieniowe.
Komponować zaczął już jako student, pisząc pierwsze utwory kameralne i rozbudowane formy symfoniczne np. Serenada na puzon i orkiestrę (1959), I symfonia (1962), Kształty na orkiestrę (1963). Najbardziej płodny twórczo był okres szczeciński (1965-1974). Powstały wtedy takie dzieła, jak: Inspiracje bałtyckie (1966), Muzyka polifoniczna (1966), Pulsacje (1966), Śpiewy Bałtyku (1966), III Symfonia (1969), IV Symfonia Bałtycka (1969), Liryki białowieskie (1971), Obrazy bałtyckie na mezzosopran i zespół kameralny (1971).
Dorobek kompozytorski Kwiatkowskiego obejmuje 24 utwory symfoniczne, 24 kameralne, utwory solowe oraz pieśni. Jego utwory były wielokrotnie wykonywane w kraju (m.in. podczas festiwali: „Warszawska Jesień” i „Poznańska Wiosna Muzyczna”) oraz w Stanach Zjednoczonych (m.in.