W 1810 roku nastąpiła reorganizacja ministerium. Zorganizowano sekretariat generalnygabinet ministra, przez który przepływała cała korespondencja. Tu przechowywane były akta i główne pieczęcie. Sekretariat organizował pracę wydziałów i biur ministerstwa, a ponadto sprawował nadzór nad szkolnictwem wojskowymz wyjątkiem artylerii i inżynierii. Wydział I czuwał nad obliczeniem rocznych przychodów i wydatków na wojsko. Wydział II nie zajmował się operacjami wojennymi, lecz prowadził ewidencję wszelkich dyslokacji wojska i sporządzał raporty do króla o jego stanie. Głównym zadaniem wydziału III była rejestracja, ewidencja i pobór rekrutów. Nowy wydział IV zajmował się sprawami artylerii i inżynierii, wyposażeniem w sprzęt, budową twierdz, wznoszeniem budowli wojskowych i mostów oraz sprawował nadzór nad szkołami artylerii i inżynierii. Wydział V zaś zajmował się zaopatrzeniem wojska w żywność, furaż, transport, kwatery, opiekę medyczną, ubiór, oporządzenie i poborem koni dla armii.
W grudniu 1811 roku doszło do kolejnej reorganizacji centralnych organów wojskowych. Z ministerium wyprowadzono Dyrekcję Generalną Popisów Wojskawcześniejszy wydział III. Ustanowiono też odrębną Dyrekcję Administracji Wojennej.