Terytorialny zasięg działania WKU objął powiaty: giżycki i mrągowski. Kolejnym Rozporządzeniem Ministra Obrony Narodowej z dnia 22 listopada 2001 r. zmieniono terytorialny zasięg działania wojewódzkich sztabów wojskowych i wojskowych komend uzupełnień. 1 stycznia 2002 r. obszar administrowany został poszerzony o powiaty: gołdapski i węgorzewski.
Obszar działania Swoim zasięgiem działania obejmuje obszar czterech powiatów północno–wschodniej części województwa warmińsko–mazurskiego tj. powiatu: giżyckiego, gołdapskiego, mrągowskiego i węgorzewskiego. Łącznie obszar o powierzchni 365 010 ha, zamieszkały przez około 157 tys. ludności. Administracyjnie obejmuje: Powiat giżycki z siedzibą władz w Giżycku, obejmujący: miasto Giżycko, gminę miejska Ryn oraz gminy wiejskie : Kruklanki, Miłki, Wydminy; Powiat gołdapski z siedzibą władz w Gołdapi, obejmujący gminy: gminę miejska Gołdap oraz gminy wiejskie : Banie Mazurskie, Dubeninki Powiat mrągowski z siedzibą władz w Mrągowie, obejmujący: miasto Mrągowo, gminę miejska Mikołajki oraz gmina wiejska: Piecki, Sorkwity; Powiat węgorzewski z siedzibą władz w Węgorzewie, obejmujący gminę miejska Węgorzewo oraz gminy wiejskie Budry, Pozezdrze;