Następne operacje odbywają się roku 2025. Grupa Davida Masona idzie tropem Menendeza i wychwytuje informacje dotyczące jego działań i osób w to zamieszanych, m.in. próbuje schwytać i zabezpieczyć pewną kobietę(programistkę), którą chciał pozyskać antagonista w celu przeprogramowania technologii amerykańskiej i dzięki temu, likwidacji ważnych miast i rozpętania konfliktu chińsko-amerykańskiego. W kolejnych częściach fabuły, David powraca do Woodsa, by dowiedzieć się dlaczego Raul przetrzymywał go w Panamie i jak zginął jego ojciec. Staruszek zaczyna opowiadać mu o nieudanej operacji, której głównych zadaniem było zniszczenie reputacji Manuela Noriegi i schwytanie celu. Tłumaczył, że „całym przedstawieniem sterował” Hudson (postać z Black Opsa). Okazało się, że ważniejszym obiektem od Noriegi jest „Cel Nexus”, którego Hudson „nie chciał” zdradzić do odpowiedniego momentu. Tu następuje ważny moment w fabule, mianowicie, gdy Woods wraz z Noriegą jedzie windą w budynku przy dokach ma za zadanie zlikwidowania celu poprzez strzał w głowę. Tu gracz będzie miał wybór odnośnie do schwytanej osoby, z workiem na głowie, na głównym placu.