W tych okolicznościach wytwórnia zaproponowała United States Army Air Forces opracowanie transportowej wersji XB-36, która mogła być zbudowana i przetestowana zdecydowanie szybciej niż maszyna bombowa. Tym bardziej, że już od maja 1942 roku opracowywano pasażerską wersję samolotu, którą oznaczono jako Model 36 Transport. Maszyna miała być zdolna do przewozu 144 pasażerów na dwóch pokładach ciśnieniowego kadłuba. Realia wojny odsunęły w przyszłość cywilny samolot, a prace podążyły w kierunku budowy maszyny transportowej, określanej jako Model 37, zdolnej do przewozu 400 żołnierzy, 300 rannych w wersji sanitarnej lub 45 359 kg ładunku również na dwóch pokładach, ale nieciśnieniowego kadłuba. USAAF wyraziła zgodę, podpisując 31 grudnia 1942 roku kontrakt W535-ac-34454 na budowę prototypu samolotu określanego jako XC-99 z zastrzeżeniem, że prowadzone prace nie wpłyną opóźniająco na projekt XB-36.