Elementy militarne użyte w herbie mają symbolizować odwagę i heroizm, a także ciężką pracę jaką w rozwój miasta w trudnych syberyjskich warunkach włożyli, zarówno pierwsi mieszkańcy-pionierzy, ale także zwykli obywatele w kolejnych pokoleniach. Złoty kolor symbolizować ma bogactwo regionu, a także stabilizację i szacunek. Srebrny odwołuje się do czystości, doskonałości i pokoju, a błękit jest symbolem szlachetności i honoru. Czerwień (szkarłat) to barwa mająca oddawać ciężką pracę mieszkańców Tobolska, ale także ich siłę i piękno. Zieleń to nawiązanie do piękna natury, zdrowia oraz życia, a purpura oddawać ma majestat. Użycie korony herbowej ma ukazać znaczenie miasta jako ważnego ośrodka regionalnego. 10 lipca 1987 r. miasto Tobolsk zostało odznaczone Orderem „Znak Honoru”, co znalazło swoje odzwierciedlenie w herbie miejskim.