Na runo składają się: pięciornik biały, jaskier wielokwiatowy, bodziszek leśny, naparstnica zwyczajna, dzwonek brzoskwiniolistny, dzwonek szczeciniasty, wyka kaszubska, miodunka wąskolistna, turzyca pagórkowa, ciemiężyk białokwiatowy, miodownik melisowaty, groszek wschodniokarpacki, groszek czerniejący, pszczelnik wąskolistny, dziewięćsił bezłodygowy i liczne koniczyny. Warstwa mchów jest uboga, tworzą ją głównie merzyki. Niektóre stanowiska dawnych dąbrów zostały zaprzepaszczone z chwilą założenia na nich osiedli. Park Pałacowy w Białowieży znajduje się w miejscu, gdzie dawniej była dąbrowa, natomiast właściwe osiedle zajęło miejsce dawnych grądów. Występujące w Puszczy głębokie żwirownie, efekt po XX-wiecznej działalności człowieka, pochłonęły kolejne stanowiska dąbrów.
Bory iglaste thumb|Bór iglasty, białoruska część Puszczy thumb|Bór mieszany w pobliżu Białowieży Bór świeży zajmuje suche, świeże piaski, bez wyraźnego wpływu wody gruntowej. Drzewem dominującym jest sosna, w niewielkiej domieszce może występować brzoza i świerk. Charakterystycznymi dla runa gatunkami są: rokietnik pospolity, borówka brusznica, wrzos pospolity, widłoząb miotlasty. W skład podszycia wchodzi jałowiec, jarzębina, dąb.