thumb|240px|Projekt flagi Petersburga z lat 1991–1992 W czerwcu 1991 r. na fali przemian w kraju rada miejska rozpoczęła pracę nad nowym herbem i flagą. Zaproponowano by flaga Petersburga była kopią flagi Rosji ze złotym orłem o trzech głowach, na którego piersiach umieszczony miał zostać historyczny herb Petersburga, a w górnym rogu umieszczona miała zostać złota łódź – nawiązanie do morskiego znaczenia miasta w historii Rosji. Projekt ten jako całkowicie ahistoryczny został odrzucony. Przez ponad rok nie udało się dojść do porozumienia. Kolejny z projektów zakładał użycie znów flagi rosyjskiej, tym razem bez orła, a znowu z umieszczoną w lewym górnym roku, złotą łodzią. Propozycja ta także nie znalazła uznania. W końcu 4 czerwca 1992 r. zaproponowano by flaga nawiązywała bezpośrednio do herbu miasta. 8 czerwca 1992 r. flaga Petersburga w formie używanej obecnie została zaakceptowana. 13 maja 2003 r. po wprowadzeniu drobnych poprawek użycie flagi zostało jeszcze raz potwierdzone przez petersburską radę miejską. Kontrowersyjne pomysły by zastąpić ją nowym projektem zostały odrzucone.