Główny cel bibliotek DLL (współdzielenie kodu uruchomieniowego między programami w celu redukcji zapotrzebowania na pamięć) jest poświęcony za cenę większych programów i braku możliwości korzystania z poprawek zabezpieczeń.
Windows File Protection Problem nadpisywania bibliotek DLL został trochę zredukowany dzięki Windows File Protection (ochrona plików Windows), która została wprowadzona w Windows 2000. Uniemożliwia to nieautoryzowanemu oprogramowaniu nadpisanie bibliotek systemowych, chyba że użyją one odpowiednich metod z Windows API, które na to zezwalają. W dalszym ciągu istnieje ryzyko, że aktualizacje od Microsoft mogą być niekompatybilne z istniejącymi aplikacjami, lecz jest ono zwykle zmniejszone w obecnych wersjach Windows dzięki zastosowaniu side-by-side assembly.
Aplikacje firm zewnętrznych nie mogą modyfikować plików systemowych z wyjątkiem przypadków, gdy zawierają oficjalne komponenty aktualizacji systemu Windows lub jeśli wyłączą serwis Window File Protection w czasie instalacji oraz w systemie Windows Vista lub nowszym, przejmą pliki systemowe na własność, aby uzyskać do nich dostęp.