Zagrożenia i ochrona thumb|left|Wykaszanie trzciny na torfowisku w centralnej części rezerwatu Wśród flory rezerwatu są dwa gatunki z Polskiej czerwonej księgi roślin (lipiennik Loesela i kukułka krwista żółtawa oraz kilka z czerwonej listy – oprócz lipiennika: goryczka wąskolistna, nerecznica grzebieniasta, rosiczka okrągłolistna, wroniec widlasty, sit czarny, kruszczyk błotny. 18 taksonów jest zagrożonych w skali lokalnej, a 16 objętych jest ochroną gatunkową. Ponadto lipiennik Loesela jest gatunkiem priorytetowym w myśl dyrektywy siedliskowej. Pozwala to na określanie Torfów Orońskich jednym z najcenniejszych obszarów chronionych w województwie mazowieckim.
Z obserwacji poczynionych w pierwszej dekadzie XXI wieku wynika, że stan populacji większości cennych gatunków maleje. Przyczyny tego zagrożenia to obniżenie poziomu wód gruntowych w wyniku melioracji i porzucenie użytkowania. Ich skutkiem jest sukcesja roślinności szuwarowej i leśnej, zwłaszcza trzciny i wierzb oraz eutrofizacja podłoża. Stosunkowo małym zagrożeniem jest natomiast wyrąb i penetracja przez ludzi. W związku z tym w ramach ochrony czynnej prowadzona jest wycinka zakrzaczeń i wykaszanie szuwarów z obszaru mechowiska.