Dodatkowo nazwa Wanderers nawiązuje do pierwszego klubu piłkarskiego założonego w 1880 roku w Australii, klubu Wanderers FC.
A-League thumb|250px|Mecz serii finałowej pomiędzy Western Sydney Wanderers i Brisbane Roar (wynik 2:0; 12 kwietnia 2013) Pierwszym trenerem w historii klubu został Australijczyk Tony Popovic, który został zatrudniony w dniu 1 lipca 2012 roku. Western Sydney Wanderers FC zainaugurował rozgrywki w A-League w dniu 6 października 2012 roku w domowym spotkaniu przeciwko Central Coast Mariners FC. Spotkanie zakończyło się remisem w stosunku 0:0. W inauguracyjnym sezonie 2012/2013 klub jako beniaminek rozgrywek uplasował się na 1. miejscu w sezonie zasadniczym z dorobkiem 57 punktów i uzyskał awans do serii finałowej rozgrywek. W serii finałowej klub dotarł do finału rozgrywek (tzw. Grand Final), w którym poniósł porażkę przeciwko Central Coast Mariners w stosunku 0:2. W sezonie 2013/2014 Western Sydney Wanderers zakończyli zmagania w sezonie zasadniczym na 2. miejscu. W serii finałowej rozgrywek, klub drugi raz z rzędu awansował do finału. W finale drużyna Western Sydney Wanderers uległa po dogrywce drużynie Brisbane Roar FC w stosunku 1:2.