Założenie thumb|250px|Prezentacja pierwszym trzech zakontraktowanych piłkarzy przez klub. Od lewej: Aaron Mooy, Tarek Elrich i Kwabena Appiah (25 czerwca 2012) Bezpośrednią przyczyną powstania klubu Western Sydney Wanderers FC było zawieszenie licencji drużynie Gold Coast United FC w dniu 29 lutego 2012 roku w trakcie sezonu 2011/2012. Seria sporów pomiędzy właścicielem drużyny Gold Coast United, Clive Palmerem a zarządem FFA dotyczących kwestii m.in. naruszania przepisów rozgrywek A-League doprowadziła, że liczba zespołów występujących w lidze spadła z 10. do 9. drużyn. Czyli o jedną mniej niż FFA potrzebowała do zbliżających się negocjacji odnośnie do sprzedaży praw telewizyjnych.
W dniu 4 kwietnia 2012 roku sekretarz generalny FFA Ben Buckley zapowiedział utworzenie nowego zespołu piłkarskiego z zachodniej części Sydney. Zgodnie z zapowiedziami FFA nowy klub miał dołączyć do rozgrywek A-League od sezonu 2012/2013. Jednak pomimo podjętych kilku prób, FFA nie znalazła chętnego podmiotu do stania się właścicielem nowego klubu. Ostatecznie FFA wzięła na siebie rolę właściciela klubu co pomogło w zabezpieczeniu 4 milionów AUD od rządu australijskiego przyznanych w ramach dotacji na stworzenie oraz bieżące koszty utrzymania klubu.