Po powrocie do Polski w 1997 decyzją biskupa Kazimierza Romaniuka został mianowany proboszczem parafii Miłosierdzia Bożego w Otwocku. W 2006 abp Sławoj Leszek Głódź przeniósł go na stanowisko proboszcza wiejskiej parafii Narodzenia Pańskiego w Jasienicy (dekanat Tłuszcz) w powiecie wołomińskim. W latach 2010–2013 biskup diecezji warszawsko-praskiej, Henryk Hoser, nałożył na Lemańskiego kilka kar, w tym zakaz wypowiadania się w mediach (maj 2013), zarzucając mu brak posłuszeństwa i głoszenie poglądów szkodzących wspólnocie Kościoła. W lipcu 2013 arcybiskup Hoser odwołał Lemańskiego z funkcji proboszcza w Jasienicy.
Pod koniec czerwca 2014 abp Henryk Hoser powierzył Lemańskiemu stanowisko kapelana Mazowieckiego Centrum Neuropsychiatrii Dzieci i Młodzieży w Zagórzu, największego w Polsce szpitala psychiatrycznego dla dzieci i młodzieży.