W 1828 powstało przy nim seminarium duchowne.
Klasztor prawosławny Po synodzie połockim w 1839, na mocy którego doszło do likwidacji unii na ziemiach litewskich i białoruskich, monastyr ponownie przeszedł we władanie mnichów prawosławnych. Został również rezydencją prawosławnych biskupów wileńskich i litewskich, zaś działające w nim seminarium kształciło odtąd kandydatów na duchownych prawosławnych. Funkcje te monastyr pełnił przez sześć lat, do 1845, następnie rezydowali w nim wikariusze tejże eparchii.
W XIX w. monastyr był ważnym ośrodkiem pielgrzymkowym, przyciągającym pątników przede wszystkim na święta Opieki Matki Bożej i Zaśnięcia Matki Bożej. Klasztor prowadził szkołę psalmistów oraz placówkę kształcenia podstawowego. W II połowie XIX w. całość zabudowań monastyrskich została wyremontowana. Zakonnicy prowadzili sierociniec dla chłopców.
W 1915 mnisi udali się na bieżeństwo, zabierając ze sobą cudowną ikonę Matki Bożej, klasztorne archiwum i część wyposażenia świątyń. Utensylia cerkiewne i ikony zdeponowano w piwnicy soboru Opieki Matki Bożej na Fosie w Moskwie, zaś archiwum w Noworosyjsku. W czasie I wojny światowej w monastyrze stacjonowały wojska niemieckie, które zamieniły część zabudowań na więzienie, zaś ikonostas w cerkwi św. Mikołaja zniszczyły na opał.