Pod koniec XVIII i w XIX wieku struktura Kościoła katolickiego na terenie dzisiejszej Kolumbii stopniowo się rozrastała. W tych latach z archidiecezji Santa Fe w Nowej Grenadzie wyłoniły się: 16 lutego 1778 - diecezja Mérida (obecnie archidiecezja Mérida w Wenezueli) 31 sierpnia 1804 - diecezja Antioquía (obecnie archidiecezja Santa Fe de Antioquia) 25 września 1835 - diecezja Nueva Pamplona (obecnie archidiecezja Nueva Pamplona) 29 lipca 1880 - diecezja Tunja (obecnie archidiecezja Tunja) 1894 - diecezja Tolima (już nieistniejąca).
8 czerwca 1898 nastąpiła zmiana nazwy na archidiecezja Bogota.
20 czerwca 1900 archidiecezja Bogota straciła status jedynego kolumbijskiego arcybiskupstwa. W dniu tym do godności archidiecezji wyniesione zostały diecezje Popayán na południu i Cartagena de Indias na północy państwa.
7 listopada 1902 papież Leon XIII nadał abp Bernardo Herrera Restrepo i jego następcom tytuł prymasa Kolumbii.
W XX wieku z bogotańskiego arcybiskupstwa wyłączono: 23 czerwca 1903 - prałatura terytorialna Intendentur Wschodnich (obecnie archidiecezja Villavicencio) 1 września 1951 - diecezja Zipaquirá 29 maja 1956 - diecezja Girardot 16 marca 1962 - diecezja Facatativá.
Archidiecezję dwukrotnie odwiedzali papieże: w sierpniu 1968 Paweł VI