W czasie powstania warszawskiego, 1 sierpnia 1944 roku, szpital stał się szpitalem powstańczym. Miał około 35 miejsc leżących. 6 sierpnia 1944 roku, po zniszczeniu budynku przy ul. Królewskiej, placówka została ewakuowana do budynku przy ul. Szpitalnej 5 (róg ul. Przeskok) i częściowo do budynku przy ul. Szpitalnej 8. We wrześniu 1944 roku szpital został ponownie przeniesiony, do kamienicy Jasieńczyka-Jabłońskiego przy ul. Mokotowskiej 12 (metodyści) i 16 (mieszkanie Kazimiery Kluczyńskiej). W drugiej połowie września w szpitalu zorganizowano oddział dla zakaźnie chorych. 3 października 1944 roku, po kapitulacji powstania, część chorych wraz z personelem i pastorem ks. Zygmuntem Michelisem znalazło się w obozie w Pruszkowie. skąd trafili do Milanówka.
Upamiętnienie Tablica Nowolipie 9/11 Na budynku przy ulicy Nowolipie 9/11 (od strony ulicy Karmelickiej) znajduje się tablica upamiętniająca Szpital:
Skwer Szpitala Ewangelickiego Rada Warszawy 29 sierpnia 2019 na XVII sesji rady podjęła Uchwałę nr XVII/451/2019 w sprawie nadania nazwy skwer Szpitala Ewangelickiego terenowi zlokalizowanemu pomiędzy