Trzeci patrol, styczeń - marzec 1944 Po kolejnym uzupełnieniu zapasów i następnym treningu, okręt wypłynął z Fremantle 12 stycznia 1944 roku na swój trzeci patrol. Operując w pobliżu Cieśniny Makasarskiej 22 stycznia, okręt natrafił na płynącą dużą jednostkę nawodną. Siedmioosobowa załoga zachowywała się podejrzanie, gdy „Bonefish” do nich podpłynął, i mimo rozkazu aby opuścili okręt - odmówili. Kiedy otworzono do tej jednostki ogień z karabinów maszynowych, wyskoczyli w końcu za burtę. Jak tylko statek zaczął tonąć, japońska piechota wyskoczyła spod pokładu. Amerykanie naliczyli 39 ludzi wyskakujących ze statku.

6 lutego natrafili na konwój składający się z 17 jednostek. „Bonefish” ustawił się w pozycji do ataku, wybierając na główny cel duży tankowiec, do którego odpalono cztery torpedy z dziobowych wyrzutni. Kolejne dwie torpedy z dziobu w kierunku innego statku towarowego. Następnie okręt zaczął się odwracać tyłem do konwoju, aby zaatakować go z rufowych wyrzutni torpedowych. Kiedy eskorta zaatakowała „Bonefish”, okręt nagle stracił stateczność pod wodą, co spowodowało, że cały peryskop znalazł się pod wodą. 9 ton wody wlało się do dziobowego przedziału torpedowego zanim odpowiednie zawory zostały zamknięte.