Drugi patrol, listopad - grudzień 1943 Po uzupełnieniu zapasów i odbyciu ćwiczeń, okręt 22 listopada 1943 roku wyszedł na swój drugi patrol - w kierunku Morza Południowochińskiego. 28 listopada wpłynął na wody Morza Flores, a następnego dnia przechwycił dwa okręty. Zanurzył się, podpłynął bliżej celu i odpalił cztery torpedy. Dwie z nich trafiły frachtowiec, posyłając 4646-tonowy okręt Suez Maru bardzo szybko na dno. Obecna na miejscu eskorta przyspieszyła i skierowała się w kierunku „Bonefish”, jednakże okręt się zanurzył głębiej i zdołał uniknąć ataku bombami głębinowymi. Niestety, załoga okrętu podwodnego nie była świadoma, że Suez Maru miał na pokładzie 414 brytyjskich i 133 holenderskich jeńców wojennych. Japoński trałowiec W.12 podjął rozbitków, chociaż ostatnie ujawnione dokumenty opisują, że W.12 otworzył ogień do ocalałych w wodzie jeńców (minimum 250).

1 grudnia okręt zauważył konwój składający się z trzech statków plus dwie eskortujące jednostki, w pobliżu wybrzeży Celebes.