Po zakończeniu sezonu 2015/2016 funkcję trenera drużyny przestał pełnić Robert Lis, którego zastąpił Marek Motyczyński. Pod koniec października 2016 Lis ponownie objął legionowską drużynę. W rundzie zasadniczej sezonu 2016/2017 KPR Legionowo odniósł siedem zwycięstw i zanotował 19 porażek, plasując się w grupie granatowej na 6. miejscu z dorobkiem 19 punktów (w tabeli zbiorczej na 10. pozycji). Legionowski zespół przystąpił następnie do gry o Puchar Superligi – w grupie Suzuki wygrał trzy mecze i dwa przegrał, kończąc ostatecznie zmagania na 11. miejscu. Zawodnik KPR-u Witalij Titow ponownie został królem strzelców Superligi (zdobył 175 bramek w fazie zasadniczej). Po zakończeniu rozgrywek nowym trenerem zespołu został Marcin Smolarczyk. W lipcu 2017 komisarz ligi Piotr Łebek odmówił KPR-owi przyznania licencji na grę w Superlidze w sezonie 2017/2018. Kilkanaście dni później, po spełnieniu przez legionowski klub szeregu warunków (klub przedłożył plan naprawczy, dotyczący uzyskania stabilnej sytuacji finansowej i spłaty zadłużenia), decyzja ta została uchylona i KPR przystąpił do rozgrywek. W sezonie 2017/2018 odniósł w nich sześć zwycięstw (w tym dwa po rzutach karnych) i poniósł 24 porażki (w tym jedną po rzutach karnych). Z dorobkiem 19 punktów uplasował się w tabeli zbiorczej na 15.