W 1882 roku ożenił się z Wandą Felicytą Dorotą Mniszek herbu Poraj, z którą miał dwoje dzieci: syna Jana zmarłego w dzieciństwie i córkę Zofię. Po śmierci Wandy Mniszek, ożenił się z Jadwigą Sosnowską, z którą miał troje dzieci: Jan Makowiecki, Stanisław Makowiecki oż. Zofia Łada-Łobarzewska, i Maryla Makowiecka zam. Wacław Mniszek herbu PorajStefan Leon Makowiecki. Polski Słownik Biograficzny tom XIX, 1974..
Zmarł w Morach koło Warszawy, pochowany na Powązkach.
Wybrane publikacje Spisok rastienji Podolskoj guberni dikorastushich i nekotoryh odicalych: Flora Podolica. 1913. Kwiaty ogrodowe. Wydawnictwo Połoniecki, 1927, stron 487. Walka z chwastami w ogrodzie. Warszawa, Stowarzyszenie Pracowników Księgarskich, 1935, stron 52. Słownik botaniczny łacińsko-małoruski. Prace Komisji Językowej, tom 24, Polska Akademia Umiejętności Komisja Językowa, Kraków, 1936, stron 408. Byliny bukietowe. Dodatek do dwutygodnika „Ogrodnik”, 1936. Drzewa i krzewy ozdobne: przydatne do hodowli w klimacie Polski. Księgarnia Polska Bernard Połoniecki, 1937, stron 435. Spis roślin południowo-zachodniej części Podola Zazbruczańskiego. Polska Akademia Umiejętności, 1938, stron 326. Kwiaty w mieszkaniu.