Jednakże już 12 sierpnia 2012 prezydent w wydanym dekrecie ogłosił przejście na wojskową emeryturę przez szefa sztabu generalnego oraz marszałka Tantawiego, który utracił również stanowisko ministra obrony. Jednocześnie anulował wydaną w czerwcu 2012 roku przez radę wojskową deklarację konstytucyjną ograniczającą uprawnienia szefa państwa. Tego samego dnia na stanowisko wiceprezydenta Egiptu mianował Mahmuda Makkiego.
W listopadzie 2012 roku podczas konfliktu izraelsko-palestyńskiego poparł Hamas, ostro potępiając izraelskie naloty na Strefę Gazy. Prowadził tym samym odmienną politykę wobec konfliktu na Bliskim Wschodzie, gdyż jego poprzednik Husni Mubarak wspierał stronę izraelską. Mursi obok Stanów Zjednoczonych był głównym mediatorem, który doprowadził do zakończenia konfliktu. Został również gwarantem postanowień kairskich z 21 listopada 2012.
22 listopada 2012 Mursi wydał dekrety, które rozszerzyły jego prerogatywy, co w ocenie egipskiej opozycji groziło przeprowadzeniu demokratycznych przemian w państwie. Z dekretów wynikało, że do czasu opracowania nowej egipskiej konstytucji, żaden organ w tym Sąd Najwyższy, nie może ograniczyć jego decyzji.