7 września 1939, po radiowym apelu Romana Umiastowskiego, wraz z bratem, ojcem i wujem opuścił miasto i dotarł do Słonimia. Wrócił do Otwocka w październiku 1939. W sierpniu 1940 urodziło się jego jedyne dziecko – córka Athalie.
Jesienią 1940 Niemcy utworzyli w Otwocku getto dla ludności żydowskiej, stanowiącej ponad połowę mieszkańców miasta. W lutym 1941 Perechodnik wstąpił do miejscowej policji żydowskiej. Podczas likwidacji otwockiego getta, 19 sierpnia 1942, jako policjant uczestniczył w załadowaniu Żydów do wagonów. Tego dnia do obozu zagłady w Treblince zostały również wywiezione i tam zamordowane jego żona i dwuletnia córka. Wraz z innymi żydowskimi policjantami z Otwocka Perechodnik trafił do obozu pracy w Piekiełku (obecnie część warszawskiej dzielnicy Białołęka). Później zaczął się ukrywać, początkowo w Otwocku, a od grudnia 1942 w Warszawie.