W czasie wojny krymskiej arcybiskup Innocenty osobiście odwiedzał obrońców Sewastopola i żołnierzy stacjonujących w Odessie, głosząc dla nich patriotyczne kazania i odprawiając nabożeństwa w cerkwiach polowych, organizował pomoc dla rannych żołnierzy. Kazania biskupa były również dystrybuowane wśród żołnierzy w formie drukowanej. Innocenty przedstawiał konflikt jako świętą wojnę o miejsce szczególne dla rosyjskiej tożsamości narodowej i religijnej, jako że to na Krymie miał miejsce chrzest Włodzimierza Wielkiego. W związku z tym biskup porównywał Krym do AthosuO. Figes, Wojna krymska 1853-1855. Ostatnia krucjata, Napoleon V, Oświęcim 2018, s. 389, ISBN 9788378898238..
Po zakończeniu działań wojennych zaangażował się w odbudowę zniszczonych wskutek walk świątyń prawosławnych. Dzięki poparciu mianowanego w 1855 r. generał-gubernatora noworosyjskiego i besarabskiego Aleksandra Stroganowa mógł również rozwinąć działania na rzecz promowania chrześcijaństwa - kosztem islamu i ludności tatarskiej - na Krymie. Założył na półwyspie kolejne monastery i nadzorował proces tworzenia samodzielnej eparchii taurydzkiej i symferopolskiej, wydzielonej z eparchii chersońskiej i erygowanej oficjalnie już po śmierci Innocentego, w 1859 rСимферопольская епархия.