Najstarsza zachowana wzmianka o rękopisie pochodzi z 1293, kiedy został wymieniony w katalogu biblioteki wielkiego meczetu w KairuanieCharles Baeder, Tunisia: Page of the Blue Quran, Renowned Local Artifact, to Be Sold in London Tunisia-Live, 16 April 2012.. Według tego opisu rękopis składał się z siedmiu tomów..
Zarówno jego wczesna, jak i niedawna historia zawierają wiele niewyjaśnionych zagadek (w końcu XIX wieku część kart zaginęła). Według niepotwierdzonych informacji część stron rękopisu w 1923 miał zakupić w Stambule kolekcjoner F.R. Martin, a następnie sprzedał je w EuropieUne page du Coran à la vente aux enchères Christie’s de Londres Agence Internationale de Presse Coranique.. W 1977 dom aukcyjny Christie wszedł w posiadanie niektórych kart rękopisu, nie wiadomo jednak czy były to te same karty.
W 1983 Narodowe Muzeum Sztuki Muzułmańskiej w Rakkada otrzymało kopię rękopisu, zawierała ona 59 kart. Od tego czasu spekuluje się o zaginięciu, bądź wykradzeniu części kart kodeksu. W lutym 2011 Mourad Erramah z muzeum w Kairuan zaprzeczył, by jakiekolwiek karty kodeksu zostały wykradzione. Ahmed Ferjaoui z Instytutu Dziedzictwa Narodowego potwierdził, iż część stron rękopisu została skradziona wraz z 53 innymi cennymi dokumentami.