Aleksandra Newskiego przed biskupem Stefanem (Biechem) śluby mnisze wielkiej schimy, zmieniając imię zakonne na Makary.
W ciągu kolejnych czterech lat, formalnie pozostając biskupem w stanie spoczynku (z tytułem emerytowanego biskupa małowiszczerskiego), Makary (Wasiljew) nielegalnie prowadził działalność duszpasterską w ramach Cerkwi katakumbowej na terenie eparchii petersburskiej i nowogrodzkiej. W tajemnicy przygotowywał nowych kandydatów do kapłaństwa, udzielał im sakramentu kapłaństwa, w sekrecie przyjmował śluby mnisze od kandydatów do stanu zakonnego. W 1932 został aresztowany i na trzy lata zesłany do Kazachstanu. Po odbyciu kary ponownie udał się do obwodu leningradzkiej. Żył w rejonach Czudowa i Lubani, ponownie w tajemnicy odprawiając nabożeństwa. Po ataku Niemiec na ZSRR, gdy na okupowanych ziemiach Związku Radzieckiego Niemcy pozwolili na otwieranie prawosławnych świątyń, udał się ponownie do monasteru Zmartwychwstania Pańskiego, licząc na jego ponowną organizację. Pozwolono mu zamieszkać na terenie monasteru, ale okupanci niemieccy nie wyrazili zgody na reaktywację wspólnoty, zaś w końcu roku 1941, gdy mnich protestował przeciwko umieszczeniu w budynku klasztoru sztabu wojska, wywieźli go do Czudowa. Przewieziony następnie do Pskowa, od kwietnia 1942 przebywał w Monasterze Pskowsko-Pieczerskim.