W 2007 roku Israel wyjechał do Paragwaju, gdzie podpisał kontrakt z zespołem Club Libertad ze stołecznego miasta Asunción. W tej drużynie spędził udane dwa lata, zwieńczone aż trzema tytułami mistrzowskimi z rzędu – w rozgrywkach 2007, Apertura 2008 i Clausura 2008. Poprowadził Libertad w kilku turniejach międzynarodowych i pobił rekord ligi paragwajskiej w liczbie zdobytych punktów w jednym sezonie. Dał się wypromować wielu paragwajskim zawodnikom, dzięki czemu trafili oni później do Europy. Sam Israel został wybrany przez Fox Sports najlepszym trenerem Ameryki w 2008 roku podczas gali w Buenos Aires. Innymi szkoleniowcami nominowanymi do tej nagrody byli Gerardo Martino z reprezentacji Paragwaju i Edgardo Bauza z LDU Quito. W maju 2009 był bliski objęcia kolumbijskiej ekipy Atlético Nacional, jednak ostatecznie objął inną drużynę z tego kraju – Independiente Santa Fe. Zaledwie miesiąc później zrezygnował ze stanowiska po otrzymaniu śmiertelnych pogróżek od jednego z kibiców. Jeszcze w tym samym roku został trenerem chilijskiego Uniónu Española i funkcję tę pełnił przez rok bez większych sukcesów.