Dorobek naukowy Zainteresowania naukowe prof. Macieja Mroza koncentrują się wokół zagadnień związanych z polityką zagraniczną Polski, dyplomacją watykańską XX i XXI wieku. Zajmuje się on także tematyką z pogranicza historii Kościołów i dziejów polityczno-społecznych oraz problematyką narodowościowo-wyznaniową w Europie Środkowej i Wschodniej. Wśród najważniejszych pozycji w dorobku prof. Macieja Mroza znajdują się następujące monografie i prace pod redakcją oraz artykuły:
Katolicyzm na pograniczu. Kościół katolicki wobec kwestii ukraińskiej i białoruskiej w Polsce w latach 1918-1925, Toruń 2003. W kręgu dyplomacji watykańskiej. Rosja, Polska, Ukraina w dyplomacji watykańskiej w latach 1917-1926, Toruń 2004. Z dziejów rosyjskiego katolicyzmu. Kościół greckokatolicki w Rosji w latach 1907-2007, Toruń 2008. Wspólnoty chrześcijańskie w państwach byłego ZSRR – perspektywa dwudziestolecia, red. M. Mróz i T. Dębowski, Wrocław 2006. W poszukiwaniu tożsamości. Państwo – Społeczeństwo - Religia we współczesnej Europie, red. M. Mróz i T. Dębowski, Toruń 2009. Каталіцызм на паграніччу. Адносіны каталіцкай царквы да ўкраінскага і беларускага пытання ў Польшчы ў 1918 – 1925 гадах. Пераклад з польскай мовы Яна Зеліньскага;