Startując z ramienia Partido Reconciliacion Democratica Nacional zajął drugie miejsce, jednak na skutek zamieszania w kręgach junty wojskowej wybory w 1958 powtórzono. Ydigoras odniósł w nich zwycięstwo i objął stanowisko dzięki fałszerstwom. Dojście do władzy Ydigorasa do władzy zostało zaakceptowane przez Departament Stanu USA oraz United Fruit CompanyGrzegorz Jaszuński, Świat zdaje egzamin. 1945–1965, wyd. Czytelnik, Warszawa 1967. – amerykańskie przedsiębiorstwo posiadające wielkie wpływy w Gwatemali od XIX wieku.

W początkach rządów pod wpływem nacisków CIA został zmuszony do spłacenia długu Carlosa Castillo Armasa, który ten zaciągnął na potrzeby zorganizowania przewrotu przeciwko Arbenzowi w 1954. Jako prezydent Ydigoras kontynuował działanie przeciw lewicy, jaką kierowali się jego poprzednicy; w polityce wewnętrznej organizował represje wobec osób podejrzanych o sprzyjanie tej ideologii politycznej, zaś w polityce zagranicznej pielęgnował zbliżenie do USA, m.in. jako zwolennik akcji przeciwko Kubie Fidela Castro – udzielał pomocy kubańskim antykomunistycznym działaczom i zezwolił Stanom Zjednoczonym na budowę baz wojskowych w celu przygotowania inwazji na Kubę.