Zatrzymanych przedstawicieli „polskiej warstwy przywódczej” zazwyczaj deportowano do obozów koncentracyjnych lub rozstrzeliwano na miejscu. W tym okresie potajemne egzekucje mieszkańców Warszawy odbywały się przede wszystkim na tyłach gmachu Sejmu RP przy ul. Wiejskiej (w tzw. ogrodach sejmowych), a następnie na „polanie śmierci” w Palmirach. To ostatnie miejsce stało się wkrótce jednym z symboli martyrologii inteligencji polskiej w okresie II wojny światowej.
Zimą przełomu 1939/1940 (w grudniu lub styczniu) miała również miejsce pierwsza masowa egzekucja na terenie Lasu Kabackiego. Jej świadkiem był gajowy Stanisław Cieślak, który odnotował, że skazańców przywieziono na miejsce kaźni ośmioma samochodami ciężarowymi. Każda z ciężarówek przewoziła średnio ok. 25 osób stąd świadek ocenił, że w Lesie Kabackim rozstrzelano tego dnia ok. 200 osób. Po zakończeniu okupacji nie udało się jednak odnaleźć masowego grobu, gdyż gajowy Cieślak, który mógł wskazać jego lokalizację, nie przeżył wojny. Z tego względu wciąż nie są znane bliższe okoliczności tej zbrodni.