Sumaryczny szkic czcigodnego i uczonego Torunia).
Spuścizną po Zerneke są również jego odpisy dzieł innych historyków, znajdujące się w zbiorach Biblioteki Gdańskiej Polskiej Akademii Nauk i Archiwum Państwowego w Toruniu.
Upamiętnienia Już za życia został upamiętniony przez luterańskiego duchownego Christophera Andreasa Gereta, który w 1723 roku napisał wiersz na cześć Zernekego. W 1727 roku Georg P. Busch i Daniel Klein wykonali grafikę portretową Zernekego. Inny portret Zernekego wykonał Jacob Wessel w latach 60. XVIII wieku.
Za sprawą tumultu toruńskiego stał się powszechnie znany w Europie. Jego nazwisko pojawiło się w ponad 150 drukowanych broszurach i ulotkach na temat zamieszek. W 1733 roku ukazała się książka biograficzna Vita Jacobbi Henrici Zerneckii (pol. Życie Jakuba Henryka Zernekego) autorstwa Johanna Benjamina Dragheima. Zerneke i Rösner zaczęto wpisywać w kontekst rywalizacji na tle narodowym pomiędzy Niemcami a Polakami. Na przełomie XIX i XX wieku Walter Friedrich Zernecke wydał dwutomową historię swojej rodziny.