Od sezonu 2012/2013 zostały wprowadzone nowe przepisy dotyczące kombinezonów skoczków narciarskich. Zmianą w stosunku do wcześniejszych zasad był wymóg, aby wymiary stroju były takie same, jak wymiary ciała zawodnika. Nowe przepisy dały ponadto trenerom możliwość zmiany długości najazdu dla swojego podopiecznego, maksymalnie o pięć belek startowych. Za skrócenie rozbiegu zawodnikowi dodaje się odpowiednią liczbę punktów, a za wydłużenie – odejmuje.
Podczas trwania sezonu nastąpiły następujące zmiany w kalendarzu Pucharu Świata: Pierwszy konkurs w Harrachovie został odwołany i przesunięty na następny dzień z powodu silnego wiatru, zaś drugi konkurs w tym samym miejscu ograniczono do jednej serii z tego samego powodu. W Willingen konkurs indywidualny, z powodu silnego wiatru, odwołano.
Kryształową Kulę za zwycięstwo w klasyfikacji generalnej cyklu zdobył – po raz drugi – Austriak Gregor Schlierenzauer. Miejsca na podium zajęli również, broniący tytułu, Norweg Anders Bardal oraz Polak Kamil Stoch. Schlierenzauer zwyciężył również w Pucharze Świata w lotach narciarskich i 61. Turnieju Czterech Skoczni.