Zastosowanie Drzewa skrótów mogą być używane do weryfikacji integralności wszelkiego rodzaju przechowywanych danych, przechowywane i przenoszone między komputerami. Obecnie głównym zastosowaniem drzew skrótów jest upewnienie się, że bloki danych otrzymanych od innych użytkowników za pośrednictwem sieci peer-to-peer są odbierane w stanie nieuszkodzonym i niezmienionym. Mogą być użyte do weryfikacji poprawności bloków danych otrzymywanych od innych użytkowników. Firma Sun Microsystems wykorzystywała drzewa skrótów w systemie plików ZFS. Drzewa skrótów były również używane w programie Google Wave, rozproszonych systemach kontroli wersji, w rozproszonym systemie plików Tahoe-LAFS oraz w technologii blockchain i kryptowalutach (np. Bitcoin).
Działanie drzewa skrótów Drzewo skrótów to drzewo, w którym liście są blokami danych. Danymi tymi może być plik lub zestaw plików. Wierzchołki położone wyżej (rodzice) są skrótami wierzchołków, które są jego dziećmi. Na przykład na ilustracji skrót S12 jest wynikiem obliczenia skrótu z połączenia skrótu S1 oraz S2. Oznacza to, że skrót S12 = H (skrót S1 || skrót S2).