Konstytucja zadecydowała o dominacji w Wolnym Mieście Senatu Rządzącego, który formalnie stanowił organ władzy wykonawczej. Miał jednak inicjatywę ustawodawczą oraz wyłączne prawo organizowania administracji i policji, a także nadzór nad sądownictwem i prawo łaski. Miał składać się z 12 członków, 6 dożywotnich i 6 czasowych (kadencje 1-roczne), oraz prezesa wybieranego przez Zgromadzenie Reprezentantów co trzy lata. 8 senatorów (4 dożywotnich i czasowych) powoływało Zgromadzenie, pozostali byli delegowani przez uniwersytet i kapitułę katedralną krakowską.
Zgromadzenie Reprezentantów było organem uchwałodawczym. Dla ważności jego uchwał konieczna była większość 7/8 reprezentantów. Zgromadzenie składało się z 41 członków i miało być zwoływana co roku. Miało ustanawiać i kontrolować wykonanie budżetu, wybierać senatorów i prezesa Senatu oraz wybierać sędziów. Członkowie Zgromadzenia byli częściowo wybierani przez gminy (26 reprezentantów z 26 gmin), w pozostałym zaś zakresie delegowani przez Senat, uniwersytet i kapitułę. Obradom przewodniczył jeden z senatorów.