Od 1 stycznia 1927 roku był profesorem chirurgii i okulistyki zwierząt Uniwersytetu Warszawskiego. W latach 1929–1930 i 1935–1936 piastował funkcję dziekana Wydziału Weterynaryjnego Uniwersytetu Warszawskiego. Był wiceprezesem Naczelnej Izby Lekarskiej, później członkiem jej zarządu. Od 1928 roku prof. Eugeniusz Wajgiel był kuratorem Akademickiej Korporacji Coronia z ramienia uniwersyteckiego senatu.

Był autorem 29 prac naukowych.

Został rozstrzelany w 3. dniu powstania warszawskiego przez Niemców wraz ze swoim zięciem inż. Klemensem Wierzchleyskim i grupą 19 profesorów Uniwersytetu Warszawskiego zamieszkujących dom profesorski przy Nowym ZjeździeNazwiska tych profesorów znajdują się w omówieniu domu Ulica Nowy Zjazd w Warszawie 5. Pewne szczegóły dotyczące tej egzekucji znajdują się w cyklu wypowiedzi pod wspólnym tytułem Jeszcze w sprawie Antoniego Przeborskiego opublikowanych w Rocznikach Polskiego Towarzystwa Matematycznego. Seria II: Wiadomości Matematyczne XXIV (1982), str. 229-232. Ich ciał nigdy nie odnaleziono, pomimo poszukiwań czynionych po wojnie przez rodziny.

Życie prywatne W latach 20. i 30. XX wieku mieszkał w Domu Profesorów przy ul. Nowy Zjazd 5 w Warszawie.