Przygotowania do kolejnego sezonu rozpoczęli z opóźnieniem, gdyż czekali na uregulowanie zaległości finansowych za ostatnie trzy miesiące.
W rundzie jesiennej sezonu 2006/2007 AKS wygrał cztery mecze (4:1 z Wisłoką Dębica, 4:0 z Wisłą II Kraków – najwyższe zwycięstwo w historii występów w III lidze, 3:0 w Zamościu z Hetmanem, 3:1 w Sanoku ze Stalą), dwa zremisował, a dziewięć przegrał. Klub borykał się z dużymi problemami finansowymi – na początku stycznia 2007 roku zadłużenie buskiego zespołu wobec różnych podmiotów, w tym piłkarzy i trenerów, wynosiło 412 tys. zł. W przerwie zimowej z drużyny odeszła większość zawodników, dlatego skład został uzupełniony juniorami. Wiosną piłkarze AKS przegrali wszystkie spotkania, w tym dwa walkowerami. Ponieśli m.in. dotkliwe porażki w spotkaniach z Koroną II Kielce (0:8), Hutnikiem Kraków (0:8) i Stalą Rzeszów (1:12). Sezon zakończyli na ostatnim, 16. miejscu w tabeli z dorobkiem 14 punktów.
18 maja 2026 roku AKS 1947 Busko-Zdrój wywalczył awans do III ligi.
Trenerzy klubu w III lidze
Osiągnięcia III liga: 12. miejsce: 2005/2006