Z drugiej strony znaczna wysokość oraz klimat kontynentalny powodują, że opady są niskie – od 250 do 650 mm rocznie. Największa suma opadów jest notowana na północy, w okolicy delty Okawango, natomiast najniższa na Kalahari. Ogromnym problemem są susze powodujące przeciętnie co 3 lata katastrofalny spadek produkcji rolniczej.
Gleby W Botswanie dominują gleby brunatno-czerwone, czerwono-bure i sawannowe. Na terenie pustyni Kalahari występują typowe gleby pustynne.
Hydrologia Przez Botswanę przebiega kontynentalny dział wód. W południowej i centralnej części kraju znajduje się pustynia Kalahari zajmująca znaczną część kraju. Obszar ten jest pozbawiony cieków stałych, a centralna część pustyni również okresowych. Na północy znajduje się wewnętrzna delta Okawango, największa tego typu delta rzeczna na świecie. Na wschodniej części granicy z Republiką Południowej Afryki płynie rzeka Limpopo. Największą rzeką płynącą w całości na terenie kraju jest Botletle.
Czynniki pozaprzyrodnicze thumb|Główne ośrodki górnicze i sieć kolejowa thumb|PKB Botswany w 2006 (rolnictwo 2,2% – kolor jasnozielony)