Sobór moskiewski wydał także postanowienia dotyczące roli patriarchy w Kościele. Uznał, iż naczelną instancją zarządzającą Kościołem jest Uświęcony Sobór (biskupi oraz przełożeni wybranych monasterów), a patriarcha może zostać usunięty z urzędu przez sąd duchowny, do składu którego miał być zapraszany przynajmniej jeden zwierzchnik prawosławnego patriarchatu starożytnego. Zwierzchnika Kościoła ogłoszono „pierwszym wśród równych”, a nie stojącym wyżej od pozostałych biskupów. Sobór stwierdził również, iż patriarcha moskiewski i całej Rusi ma zajmować się jedynie sprawach duchownymi, uznając pierwszeństwo cara w sprawach świeckich. W ten sposób nigdy nie miał powtórzyć się precedens postępowania Nikona, który uzyskał osobiste zaufanie cara i znacząco wpływał na jego decyzje polityczne. Równocześnie jednak to car miał decydować o dopuszczeniu do chirotonii biskupich, obejmowania i zmiany katedr. Kompetencje patriarchy jeszcze ograniczył Uświęcony Sobór z 1675, który zwiększył swobodę działania biskupów ordynariuszy i nakazał podejmować decyzję administracyjne jedynie na soborach.