Drużyna trzykrotnie reprezentowała Polskę także w rozgrywkach halowych, zajmując piąte (1990) oraz dwukrotnie czwarte miejsce (1991 i 1992) podczas halowego Pucharu Mistrzów.
W pierwszej połowie lat 90., w związku z przemianami ustrojowymi w Polsce i złagodzeniem polityki paszportowej, drużynę Pomorzanina opuściło wielu zawodników, którzy zdecydowali się na grę poza granicami kraju.
W 1994 roku przy szkole podstawowej w podtoruńskiej Łubiance powołano do życia UKS Bałagany, który stał się klubem filialnym Pomorzanina. Młodzi zawodnicy po ukończeniu szkoły lub 16 roku życia trafiają do seniorskiego zespołu Pomorzanina.
Na początku XXI wieku drużyna przeżywała poważny kryzys finansowy, którego następstwem był dalszy odpływ kluczowych zawodników, których miejsce zajmowali juniorzy z Torunia i Łubianki. W efekcie celem drużyny stało się utrzymanie w najwyższej klasie rozgrywkowej, który to cel za każdym razem udało się zrealizować.