Warrego jest rzeką okresową: bywa że przez wiele lat jest wyschnięta, a znaczniejsze ilości wody zasilają Darling tylko w latach wilgotnych, co niemal zawsze zbiega się ze wzrostem aktywności zjawiska La Niña na południowym Pacyfiku.
Odpływy Poniżej miejscowości Wyandra rzeka tworzy szereg odprowadzających wodę odpływów i odnóg. W czasie powodzi potoki Widgeegoara, Kudnapper i Noorama zasilają nadmiarem wody Nebine Creek, dopływ rzeki Culgoa. Cuttaburra Creek łączy Warrego z rzeką Paroo poprzez system kanałów, terenów zalewowych i bagnisk. Odnoga Irrara Creek zasila Kerribree Creek, który przepływa przez kilka bagien, by wreszcie ujść do jeziora Utah.
Powodzie Gdy uderza La Niña wzdłuż Warrego zdarzają się powodzie; największe związane z tym zjawiskiem miały miejsce w latach 1950, 1954-1956, 1971, 1973, 1998 i 2008. Najgroźniejsza z odnotowanych powodzi miała miejsce, gdy La Niña nie wykazywała aktywności. W kwietniu 1990 roku, na skutek dwóch szczególnie głębokich, ciągnących ku wschodowi zatok niskiego ciśnienia, w Cunnamulla spadło w ciągu dwóch tygodni ponad 400 mm deszczu (więcej niż przeciętny średni opad w ponad 60% obserwowanych lat). Rzeka, podobnie jak większość dopływów Darling, osiągnęła rekordowy poziom obracając w perzynę miasteczka Augathella Charleville.