Rząd tymczasowy utworzył także Getto w Kownie.
Powstały również litewskie policje kolaboracyjne Saugumo policija i Ypatingasis būrys, które później zwalczały polskie formacje niepodległościowe i dopuściły się zbrodni wobec ludności żydowskiej i polskiej na okupowanej Wileńszczyźnie, w tym Zbrodni w Ponarach, gdzie w latach 1941–1944 wymordowano około 60–70 tys. Żydów i 20 tys. Polaków, głównie wileńskiej inteligencji.
Po II wojnie światowej przebywał na emigracji, przyjął nazwisko Juozasa Brazaitisa. W 1946 osiadł w Niemczech Zachodnich, gdzie działał w Naczelnym Komitecie Wyzwolenia Litwy (Vyriausias Lietuvos išlaisvinimo komitetas, VLIK). Po sześciu latach przeprowadził się do USA, gdzie przez lata redagował czasopismo „Darbininkas”. Napisał wspomnienia Vienų vieni (Zupełnie sami), które wydał w 1964 roku pod pseudonimem N.E. Sudūvis.
We wrześniu 2000 lider litewskich konserwatystów Vytautas Landsbergis zaproponował przyjęcie przez Sejm uchwały o uznaniu gabinetu Juozasa Ambrazevičiusa za prawowity rząd Litwy. Po licznych protestach, m.in. ze strony środowisk żydowskich, uchwała została anulowana.