W 2004 ponownie nazwane GSP, cały czas w podporządkowaniu gOR 3 FO.
W dniu 9 marca 2007 Rozkazem Dowódcy MW sformowano JW 4026, Morską Jednostkę Działań Specjalnych, podporządkowaną rozkazom Dowódcy Marynarki Wojennej. JW 4026 stała się pierwszą samodzielną jednostką wojskową, w której skład weszli żołnierze-marynarze komandosi 3 FO. Pierwszym Dowódcą MJDS wyznaczony został kmdr por. Jan Pawłowski.
Organizacyjna podległość tzw. Formozy pod rozkazy Dowódcy MW nie trwała długo. Dnia 12 września 2007 Minister Obrony Narodowej Aleksander Szczygło wydał Decyzję, by morskich komandosów Marynarki Wojennej włączyć w struktury nowo powołanych mocą ustawy Wojsk Specjalnych. Zgodnie z Decyzją Ministra ON, Morska Jednostka Działań Specjalnych z dniem 1 stycznia 2008 stała się jednostką wojskową najmłodszego ówcześnie rodzaju Sił Zbrojnych RP. W okresie 1.1.2008-31.12.2013 podlegała rozkazom Dowódcy Wojsk Specjalnych (urząd zniesiono z końcem 2013 roku). Mimo wchodzenia w skład Wojsk Specjalnych, specyfika JW 4026 powoduje ciągłą współpracę z MW.
1 października 2011 r. Decyzją Ministra ON jednostce zmieniono etat na większy i nazwę na Jednostka Wojskowa Formoza. Wieloletni przydomek jednostki został usankcjonowany jako jej nazwa urzędowa.