W kwietniu 1992 roku Armia Wyzwolenia Narodowego ponownie uderzyła na Iran. W odwecie irańskie lotnictwo zbombardowało bazy OBL w Iraku. Naloty kontynuowane były w listopadzie 1993 roku oraz w październiku i listopadzie 1994 roku. thumb|Ciała mudżahedinów poległych w 1988 roku W latach 2000–2001 na pograniczu iracko-irańskim odnotowano 213 ataków OBL.
Po 2003 roku Po zamachach z 11 września 2001 roku organizacja odcięła się od terroryzmu i zaczęła zabiegać o międzynarodowe uznanie i pomoc USA, dzięki czemu w 2012 roku rząd tego kraju usunął grupę z listy organizacji terrorystycznych.
Armia Wyzwolenia Narodowego nie wzięła udziału w II wojnie w Zatoce Perskiej i złożyła broń w jej następstwie. Do połowy maja 2003 roku organizacja została rozbrojona przez Amerykanów. Wojsko amerykańskie zarekwirowało 2139 czołgów, dział, moździerzy i pojazdów należących do OBL. Cztery tysiące członków OBL zostało internowanych w obozie Aszaraf pod Bagdadem.
Pomimo rozbrojenia pojawiają się doniesienia o atakach Ludowych Mudżahedinów na cele irańskie, czy starciach z proirańskimi bojówkami szyitów irackich.
Działalność OBL na Zachodzie OBL posiada struktury emigracyjne w Europie, USA i Kanadzie. W Paryżu znajduje się siedziba organizacji.