Brał udział w walkach niepodległościowych w 1918 walcząc w II Brygadzie Legionów. Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości był zaangażowany politycznie. W czasie wojny polsko-bolszewickiej służył cztery miesiące jako kanonier w 1 Pułku Artylerii Polowej. Od 1922 do 1929 zajmował stanowisko dyrektora w Departamencie Kultury i Sztuki w Ministerstwie Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego. 16 grudnia 1922 uczestniczył w wizycie Gabriela Narutowicza w gmachu Zachęty i był obecny podczas zamachu na życie i przy śmierci prezydenta. Po 1945 na krótko ponownie pracował w Ministerstwie Edukacji Narodowej, ale po ujawnieniu jego działalności przedwojennej został odsunięty od pracy ministerialnej. Razem z historykiem sztuki Andrzejem Kossakowskim prowadził w Grodzisku Mazowieckim ognisko plastyczne. W 1957 ukazały się drukiem zbeletryzowane pamiętniki Jana Skotnickiego noszące tytuł „Przy sztalugach i przy biurku”.