Po zakończeniu uroczystości ulicami miasta przeszedł uroczysty pochód przedstawicieli wszystkich cechów warszawskich, z których każdy niósł symbol swego zawodu.

W marcu 1942 monument został zdemontowany na polecenie Niemców w odwecie za zdjęcie przez Aleksego Dawidowskiego 11 lutego 1942 niemieckojęzycznej tablicy z pomnika Mikołaja Kopernika. Pierwotnie pomnik miał zostać zniszczony, jednak dzięki staraniom Stanisława Lorentza udało się uzyskać u władz niemieckich zmianę tej decyzji. Pomnik złożono w magazynach Muzeum Narodowego, a na jego murze pojawił się namalowany przez Dawidowskiego napis: Jam tu ludu W-wy. – Kiliński Jan!. Pojawiły się też ogłoszenia „podpisane” przez samego Kopernika: W odwecie za zniszczenie pomnika Kilińskiego zarządzam przedłużenie zimy o 6 tygodni. Jak się okazało, zima tego roku była wyjątkowo długa.

Posąg doczekał wyzwolenia Warszawy w styczniu 1945 w piwnicach Muzeum Narodowego. Był jednym z nielicznych warszawskich pomników, które nie zostały zniszczone w czasie II wojny światowej. Konieczne było jednak dorobienie brakującej szabli oraz naprawienie mniejszych uszkodzeń, m.in. stłuczenia powierzchni prawego kolana oraz obu dłoni Kilińskiego.